土地や建物の権利関係を明らかにする登記の際に課税される
家を買ったり建てたりするときには、土地や建物の権利関係を明らかにするために登記手続きが必要となる。この登記の際にかかる税金が登録免許税だ。住宅の登記には新築建物の所有権の保存登記、土地や中古建物の所有権の移転登記、住宅ローンを借りるときの抵当権の設定登記があり、それぞれの税額は、固定資産税評価額や、住宅ローンの借入額（抵当権設定登記の場合）に一定の税率をかけて計算される。
不動産登記は司法書士に代行してもらうのが一般的。司法書士への依頼は、住宅ローンを借りる金融機関か、不動産会社や住宅メーカーなどがしてくれるケースがほとんどだ。なお、家を建てる際には建物の表示登記も必要だが、登録免許税はかからず、不動産会社などを通じて土地家屋調査士に手数料を支払えばよい。
一定の要件を満たす住宅は税率が軽減される
土地の売買による所有権の移転登記や、住宅の新築・購入による建物所有権の保存登記。中古住宅などの売買による建物所有権の移転登記には、以下の軽減措置がある。
| 本則 | 軽減後 | |
|---|---|---|
| 土地の所有権の 移転登記 | 2％ | 1.5％ |
| 新築建物の所有権の 保存登記 | 0.4％ | 0.15％ |
| 中古建物の所有権の 移転登記 | 2％ | 0.3％ |
| 住宅ローンの抵当権の 設定登記 | 0.4％ | 0.1％ |
※長期優良住宅や認定低炭素住宅、不動産会社からリフォーム済みの中古住宅を購入する場合は、建物の所有権保存・移転登記の税率は0.1％に軽減される（長期優良住宅の一戸建ての移転登記は0.2％に軽減）
※軽減措置の適用期間は、土地所有権の移転登記2021年3月31日までに登記をする場合。建物の所有権保存登記、所有権移転登記、および抵当権設定登記は2022年3月31日までに登記をする場合
なお、軽減措置（土地所有権移転を除く）を受けるには、以下の要件を満たす必要がある。
- 住宅の床面積（登記簿面積）が50平米以上
- 自宅として住む住宅であること
- 取得後1年以内の登記
- 中古住宅の場合は以下のいずれかを満たすもの
（1）マンションなど耐火建築物は築25年以内、木造などは築20年以内
（2）一定の耐震基準を満たすことが建築士などにより証明されたもの
軽減を受けるための手続きは特に必要ない。登記の際に住宅が要件を満たしていれば、軽減された税率で税額が計算される。